方明艳

研究方向:基因组学与计算生物学

BGI-Research,深圳

研究员,女,瑞典卡罗林斯卡医学院临床免疫学专业博士,深圳市海外高层次人才,深圳市盐田区"梧桐凤凰"人才。

2010年7月至今一直在深圳华大生命科学研究院从事基因组学及免疫疾病研究工作。

目前担任华大生命科学研究院国际合作中心副主任、《大人群大数据研究》项目负责人,兰州大学、大连理工大学,郑州大学、深圳华大基因学院等研究生导师和高级讲师。

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方明艳

研究亮点

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AI算法创新

开发VIPPID(首个专门的原发性免疫缺陷变异预测工具)、GeneRAIN(基于Transformer的GRN模型)和VIPER(遗传病基因识别大语言模型),提高致病变异检测准确性和效率。

🧬

疾病机制研究

系统鉴定人类疾病50+个致病基因(先天性免疫缺陷、自身免疫、神经免疫等),阐明发病机制,直接指导精准诊断和治疗策略。

📊

大规模数据分析平台

开发ZBOLT基因组分析平台,日处理能力100Tbp,支持超大规模人群研究。

精选发表文章

近年来具有代表性的著作。查看完整列表请访问发表文章页面。

Genome sequencing of 7,140 newborns reveals hidden genetic disease burden

M. Fang#*, Y. Huang*, Y. Mei*, X. Jia*, Y. Gao*, X. Wang, Y. Sun, Y. Zeng, W. Huang, L. Zhu, Z. Duan, Y. Xie, X. Jiang, H. Zeng, J. Tang, X. Qian, Z. Li, Y. Yi, G. Zhang, Y. Huang, C. Liu, G. Huang, W. Zeng, B. Wang, Y. Miao, Y. Bai, H. Huang, Y. Xiao, J. Liu, X. Xu, S. Pan*, L. Hammarström*, F. Chen*, X. Jin*. Advanced Science, under first-round review (IF: 14.1, CAS Q1)

大规模新生儿基因组测序研究,揭示隐藏的遗传疾病负担,为人群级基因组筛查奠定基础。

第一作者和通讯作者基因组学 - 临床应用

GeneRAIN: multifaceted representation of genes via deep learning of gene expression networks

Z. Su*, M. Fang*, A. Smolnikov, ME. Dinger, EC. Oates, F. Vafaee. Genome Biology 26, 288 (2025). (IF: 9.4, CAS Q1)

使用77.7万批量转录组的新型深度学习框架进行基因表示学习,推进AI驱动的基因组学研究。

共同第一作者AI基础模型开发

Age-Related Dynamics and Spectral Characteristics of the TCRβ Repertoire in Healthy Children: Implications for Immune Aging

Fang M#*, Y. Miao#, L. Zhu, Y. Mei, H. Zeng, L. Luo, Y. Ding, L. Zhou, X. Quan, Q. Zhao, X. Zhao, Y. An#. Aging Cell, 2025.

表征健康儿童TCRβ谱系的年龄相关动态,为免疫衰老机制提供信息。

第一作者和通讯作者免疫衰老

An efficient large‐scale whole‐genome sequencing analyses practice with an average daily analysis of 100Tbp

Z. Li*, Y. Xie*, W. Zeng*, Y. Huang, S. Gu, Y. Gao, W. Huang, L. Lu, X. Wang, J. Wu, X. Yin, R. Zhu, G. Huang, L. Lu, J. Tang, Y. Zheng, Q. Liu, X. Zhou, R. Shan#, B. Wang#, M. Fang#, X. Jin#. Clinical and Translational Discovery, 2023. (IF: 1.9)

开发ZBOLT平台,实现100 Tbp/天的超大规模基因组数据处理能力。

共同通讯作者大数据分析平台开发

VIPPID: a gene specific single nucleotide variant pathogenicity prediction tool for Primary Immunodeficiency Diseases

M. Fang*, Z. Su*, H. Abolhassani, Y. Itan, X. Jin, L. Hammarström. Briefings in Bioinformatics, bbac176 (2022). (IF: 13.994, CAS Q1)

首个专门针对原发性免疫缺陷疾病的变异致病性预测工具,革新临床遗传诊断。

第一作者机器学习核心分析方法

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